De mutaties in de spelersgroep gedurende de zomerstop zijn – zeker vergeleken met de voorgaande jaren – gering. Twee verdedigers vertrekken: Fernando Ricksen beëindigt zijn spelerscarrière, waarin hij 152 duels voor Fortuna speelde, en Joeri Schroyen verkast naar Go Ahead Eagles.
Fortuna haalt er Kevin Kis (van KAS Eupen) en Sjoerd Linssen (eigen jeugd) voor terug. De middenvelders Ramazan Çevik (naar Standard Liège), Quin Kruijsen (VVV Venlo), Jurjan Mannes (Jong FC Twente) en – in een eerder stadium – Adnan Šećerović (naar Roda JC Kerkrade) vertrekken.
Aangezien alleen Kruijsen een basisplek had, haalt Fortuna één nieuweling: Franco Zennaro (gehuurd van Standard Liège). Het verlies van de aanvallers Kevin Diaz (naar US Ivry) en Prince Rajcomar (naar VVV Venlo) wordt gecompenseerd door het aantrekken van Jeffrey Vlug (van FC Den Bosch) en Patrick Amoah (van White Star). Glenn Daniels wordt aangetrokken (van Celtic Glasgow) als concurrent van Mark Voss als tweede keeper. Ten slotte krijgt Wil Boessen naast Roel Coumans een tweede assistent: oud-Fortunees Robert van der Weert.
De weelde van twee assistenten zal overigens niet lang duren, want in september vertrekt Roel Coumans naar Hamburger SV waar oud-Fortunees en oud-Fortunatrainer Bert van Marwijk een assistent zoekt. Geld voor een vervanger is er niet, al zal René Maessen een tijd lang zijn kantoorfunctie combineren met die van assistent-trainer.
Fortuna speelt zijn thuisduels niet langer in de Trendwork Arena, maar in het Offermans Joosten Stadion. Trendwork uitzendbureau is failliet; financieel dienstverlener Offermans Joosten neemt de fakkel over. Het driejarige contract met shirtsponsor Fitland loopt ten einde, maar Fitland tekent bij.
Fortuna kan voor de winterstop niet aanknopen bij de goede resultaten uit het vorige seizoen. De ploeg is wisselvallig en staat bij de kerst op plek vijftien – acht punten achterstand op een plek die recht geeft op deelname aan de play-offs.
Naast het veld slaagt Fortuna er in december in het hoofdpijndossier ‘stadion’ te verlichten. Niet Fortuna, maar Fitland BV koopt het stadion van VolkerWessels, dat als onderdeel van de overeenkomst Fortuna’s huurachterstand (van circa 950.000 euro) afschrijft. Fitland zal Fortuna voorlopig ook geen huur in rekenschap brengen. Naast het stadion rekent algemeen directeur Masset ook af met de schuld van circa 2,9 miljoen euro die Fortuna sinds het seizoen 05/06 gestaag heeft opgebouwd vanwege aanhoudende begrotingstekorten (gemiddeld circa 350.000 euro per seizoen). Die schuld zit grotendeels in Fortuna goedgezinde handen (Sjra Philippen en Jo Abelshausen) en wordt gesaneerd.
De organisatiestructuur gaat weer op de schop. Martin Masset is niet langer algemeen directeur, maar wordt gedelegeerd voorzitter van het bestuur. Jo Abelshausen stapt over van het bestuur naar de raad van toezicht, waar hij Sjra Philippen vergezelt.
Fortuna krijgt dus een hernieuwde kans om de club vanaf de grond op te bouwen, zonder openstaande rekeningen – net zoals in februari 2006 toen de club het stadion aan VolkerWessels verkocht en de schulden saneerde. Destijds slaagde de directie onder leiding van Hans Erkens er niet in het tij te keren door de commerciële armslag te vergroten. Gaat dat Martin Masset nu wel lukken? De toekomst zal het moeten uitwijzen.
Ook in de winterstop kondigt Wil Boessen aan zijn aflopende contract niet te willen verlengen. Fortuna zou niet stabiel genoeg zijn om zijn ambities te kunnen verwezenlijken. Fortuna heeft dus een half jaar de tijd een opvolger te vinden.
In de tweede competitiehelft presteert Fortuna uitstekend. Daar waar de 22 duels voor de winterstop 26 punten opleverden, pakt Fortuna na de winterstop in 16 duels 30 punten. Het resultaatvoetbal van Boessen mag dan wel niet oogstrelend zijn, het levert een karrevracht aan punten op – goed voor plek acht in de eindrangschikking en kwalificatie voor de play-offs, waarin net als vorig seizoen een tweeluik met De Graafschap wacht. Aziz Khalouta scoort vijftien doelpunten in de reguliere competitie; niemand doet beter. Het weinig spectaculaire voetbal leidt wel tot een stevige daling in de toeschouwersaantallen. In het seizoen 11/12 kwamen er gemiddeld 4.800 supporters naar een thuisduel; dit seizoen zijn dat er 2.700.
Op dat moment heeft Fortuna al de nieuwe trainer gepresenteerd: Peter van Vossen. De oud-international liep eerder stage bij Fortuna als onderdeel van de cursus coach betaald voetbal en is dus geen onbekende bij de club. Het feit dat hij een kapitaalkrachtige sponsor (René ter Borgh – eigenaar van Ruitenheer BV en oud-voorzitter van Almere City FC) meeneemt, zal ook een rol hebben gespeeld bij zijn aanstelling.
In de play-offs speelt Fortuna eerst thuis tegen De Graafschap. Zaak dus een goede uitgangspositie te verwerven voor de terugwedstrijd. Dat lukt echter niet. Fortuna gaat thuis met 4-1 onderuit, wat het tweede duel overbodig maakt. Fortuna verliest in Doetinchem met 3-1 en struikelt dus opnieuw over de eerste horde. Zo komt er een einde aan een seizoen dat zowel op sportief als op bestuurlijk vlak positief verliep.
