Het succes van het vorige seizoen eist zijn tol in de zomerstop richting het seizoen 99/00. Daar waar Fortuna er vorig seizoen in slaagde topscorer Ronald Hamming langer aan zich te binden, verliest Fortuna nu vijf gewaardeerde spelers: Mark van Bommel (naar PSV); Urvin Lee (157 duels voor Fortuna, naar AZ); Wilfred Bouma (terug naar PSV); Michael Jeffrey (naar Kilmarnock FC) en Regillio Simons (naar NAC). Ook Alin Banceu vertrekt (naar Național Bucureşti) na een teleurstellende periode bij Fortuna.
Fortuna moet zich dus roeren op de spelersmarkt. De transfersom die Fortuna ontving voor Mark van Bommel – die 178 duels voor Fortuna speelde – betekent dat Fortuna niet met een lege portemonnee de spelersmarkt betreedt. Spelers met doorlopende contracten kunnen losgeweekt worden door een transfersom te betalen en transfervrije spelers kunnen overtuigd worden met tekengeld. Maar wie gaat die beslissingen nemen? Commercieel en technisch directeur Jacques Opgenoord heeft een blanco CV wat betreft technische kennis, maar beheert desondanks de portefeuille technische zaken. Trainer Bert van Marwijk heeft wel een rijke voetbalachtergrond, maar kan slechts bogen op twee jaar ervaring als trainer in het betaalde voetbal.
Desalniettemin zal dit duo het aankoopbeleid voor zijn rekening nemen. Fortuna legt vier spelers vast. Jarda Paciorek wordt definitief overgenomen van Feyenoord; Joost Volmer komt over van MVV voor 1,5 miljoen gulden, wat hem de duurste aankoop ooit maakt. Voor het aanvallende compartiment legt Fortuna Dennis Gerritsen (van De Graafschap), Dennis Krijgsman (van Sparta Rotterdam) en Andrew Wright (van Leeds United) vast. Ten slotte stromen Joos van Barneveld en Brenny Evers intern door naar het eerste elftal.
Na drie seizoenen stopt Horn als shirtsponsor. Fortuna vindt in financieel dienstverlener Wagner & Partners een opvolger. Fortuna kent een valse start in de competitie. Na zes duels heeft Fortuna slechts één punt verzameld. Pas het zevende duel thuis tegen Cambuur Leeuwarden levert de eerste winst op. Dat duel wordt nog steeds gespeeld in Stadion De Baandert, want de bouw van het nieuwe stadion heeft enige vertraging opgelopen; Fortuna kan pas in november verhuizen. In oktober trekt Fortuna de Oostenrijkse vleugelspeler Rolf Landerl aan van AZ om het sportieve tij te keren.
Op 23 oktober speelt Fortuna zijn laatste officiële duel in Stadion De Baandert tegen Sparta. Toevalligerwijs ook de eerste tegenstander die FSC trof in Stadion De Baandert. Achtduizend toeschouwers pinken een traantje weg als het vuurwerk na afloop van het duel gedoofd is en er daadwerkelijk een einde is gekomen aan een tijdperk. Het stadion is dan 35 jaar oud. Sittardia speelde er vier seizoen; Fortuna is bezig aan zijn 31ste seizoen. Alleen de herinneringen blijven. Fortuna wint het laatste duel overigens met 3-2; Joost Volmer scoort de laatste en beslissende treffer. Het betekent dat Fortuna zijn neus boven de degradatiestreep drukt.
Een maand later op 14 november opent Fortuna het nieuwe stadion met een galaduel tegen FC Schalke’04. Het stadion is dan nog naamloos; Fortuna zoekt nog naar een naamgever. Het stadion is gevestigd in Bedrijvenstad Fortuna, maar van een stad gevuld met bedrijven is dan geen sprake. De met veel bravoure gepresenteerde bedrijvenstad is vrijwel leeg. Is het de heersende economische recessie of is de bedrijvenstad als vestigingsplek voor bedrijven veel minder aantrekkelijk dan aangekondigd? Voorlopig is het niet met bedrijven dicht gebouwde stadion in een verder vrijwel leeg bedrijventerrein een macaber schouwspel. In het stadion vallen vooral de blauwe stoeltjes op – niet Fortuna’s groen-gele clubkleuren. Blauw verkleurt minder snel dan groen, aldus commercieel en technisch directeur Jacques Opgenoord. De Hongaar Tamás Hajnal scoort namens Schalke’04 de eerste treffer ooit in het stadion; Andrew Wright bepaalt de eindstand op 1-1 en is dus de eerste Fortunees die er scoort.
Het stadion geeft Fortuna geen vleugels, want de vier thuisduels voor de winterstop eindigen allemaal gelijk. Plek zestien is Fortuna’s deel bij het bereiken van de winterstop – beneden de verwachting. De vraag dringt zich op wat er eigenlijk gebeurd is met de transferopbrengst van Mark van Bommel? Het geld is niet gebruikt om de stadionschuld af te lossen. Slechts een deel van dat geld is uitgegeven aan transfervergoedingen voor aangetrokken spelers. Is de rest opgegaan aan tekengeld, spelersmakelaars en de belastingdienst of is er geld gestoken in de exploitatie? De club laat zich niet uit over financieel beleid.
In de winterstop huurt Fortuna twee spelers van Vitesse: middenvelder Remco van der Schaaf en spits Matthew Amoah. Dat blijken twee prima aanwinsten te zijn, want door middel van een serie van vijf overwinningen op rij in februari en maart speelt Fortuna zich vrij snel veilig; Fortuna eindigt op een twaalfde plek. Dennis Gerritsen wordt met tien treffers topscorer in zijn eerste seizoen bij Fortuna. Gemiddeld komen er ruim 8.100 supporters kijken naar Fortuna; bijna tweeduizend meer dan het seizoen voordien. Het nieuwe stadion – dat sinds maart officieel omgedoopt is tot het Wagner & Partners Stadion – trekt dus een derde meer publiek. Dat publiek neemt afscheid van succescoach Bert van Marwijk die een transfer naar Feyenoord afdwingt.
