Aan de start van het nieuwe seizoen zijn er enkele wijzigingen in de selectie van Frans Körver. Guido Budziak (naar SV Deurne) verlaat Fortuna; zijn plek onder de lat wordt ingenomen door Arjan Christianen (van NAC Breda). De verdedigers Marcel Akerboom (170 duels, naar FC Zwolle) en Edwin Hermans (262 duels, naar Willem II) worden vervangen door Daniël Voigt (van Helmond Sport) en Sjors Paridaans (van PSV).

Verder verlaten de middenvelders Tom Daemen (naar MVV) en László Mészáros (naar Meeuwen Guitrode) Fortuna. Raschid el Hammouchi (van Alemannia Aachen) moet het gat op het middenveld opvullen. Ook de aanvallers Lionel Lord (naar KV Oostende) en Aziz Moutawakil (naar Roda JC) vertrekken. Zij worden vervangen door Cédric Olondo-Utshumbe (van Heusden Zolder), Danny Schreurs (van MVV) en Kris Bright (van New-Zealand Knights).

Naast het veld keert Mister Fortuna René Maessen terug, nu als commercieel medewerker. Verder verhuist Fortuna Sittard van categorie één naar categorie twee in het categoriesysteem. Goed nieuws dus.

Dat vertaalt zich echter niet in resultaten op het veld, want die blijven beroerd – daar kan ook Frans Körver geen verandering in brengen. Fortuna weet in de winterstop twee ploegen onder zich, dus in die zin is er vooruitgang ten opzichte van vorig seizoen. Het rommelt wel in de selectie, zo wordt Mels van Driel vlak voor de winterstop ontslagen na een akkefietje met trainer Frans Körver. Uiteindelijk wordt de soep toch niet zo heet gegeten als zij wordt opgediend; Van Driel mag blijven.

In de winterstop blijkt dat het financieel toch lastiger gaat met Fortuna dan gedacht. Fortuna spreekt de resterende 0,4 miljoen euro aan van de gemeentegarantie en de KNVB zet Fortuna terug naar categorie één in het categoriesysteem: Fortuna staat weer onder curatele.

De financiële problemen worden er alleen maar groter op als Joos van Barneveld een claim van ruim een half miljoen euro op tafel legt. In de zomer van 2002 vermoedde Theo Mommers dat Fortuna aan Joos van Barneveld en Harrie Gommans een mooie transfersom zou kunnen overhouden bij verkoop, die de club uit de financiële problemen kon helpen. Daarom liet hij beiden een royaal contract tekenen.

Het liep anders. Gommans vertrok in december 2003 zonder een grote transfersom; Van Barneveld raakte geblesseerd en kwam niet weg. Zijn loonkosten drukten zo zwaar op de begroting dat Fortuna een regeling met Van Barneveld trof. Hij zou voor een aanzienlijk lager salaris gaan voetballen. Mocht hij Fortuna niet tussentijds verlaten dan zou hij het verschil in salaris na afloop van het contract uitbetaald krijgen. Van Barnevelds contract loopt af op het einde van het seizoen en dus legt hij een claim neer. Fortuna heeft geen half miljoen euro en dus stapt Van Barneveld naar de KNVB-arbitragecommissie.

Frans Körver gebruikt de winterstop om zijn selectie uit te breiden. Hij mag de ploeg versterken met Florencio Cornelia (van Ter Leede), Jürgen Heinrichs (van FC Kleve) en Panagiotis Vouis (van FC Amsberg). Körver kondigt overigens ook zijn afscheid aan. Op het einde van het seizoen gaat hij met pensioen. Niet veel later presenteert Fortuna Henk Wisman als zijn opvolger voor het seizoen 07/08.

Körver krijgt de ploeg na de winterstop aan de praat. Fortuna blijft in februari/maart zes duels op rij ongeslagen en ruikt zelfs even aan een periodetitel, maar dat lukt niet. Uiteindelijk wint Fortuna na de winterstop meer wedstrijden dan het verliest, maar meer dan een vijftiende plek op de ranglijst levert dat niet op. Florencio Cornelia blijkt een prima aanwinst; hij scoort na de winterstop zevenmaal – genoeg voor de topschuttersbokaal.

Naast het veld bezuinigt Hans Erkens de positie van Simone Palmans weg. Zij moet vertrekken. De arbitragecommissie stelt Joos van Barneveld in het gelijk. Fortuna moet in zeven jaarlijkse termijnen van tachtigduizend euro in totaal ruim een half miljoen aan de speler overmaken. Van Barneveld tekent een contract bij FC Eindhoven. Hij speelde 160 duels voor Fortuna.