Pim Verbeek bouwt rustig verder aan de ploeg. Spelers die niet of nauwelijks aan bod komen mogen vertrekken, zoals Roland Vroomans en Raphael Losada (beiden naar SC Eindhoven), André van der Zander (naar Germania Teveren) en Dominik Vergoossen (naar Helmond Sport). Daar staat alleen de aankoop van middenvelder Patrick Paauwe (van De Graafschap) tegenover. Fortuna neemt Jürgen Dirkx definitief over van PSV.

Na twee succesvolle seizoenen komt er een einde aan de samenwerking tussen Fortuna en shirtsponsor Goodyear; Horn is de opvolger.

In september presenteert de gouverneur de resultaten van de haalbaarheidsstudie van de mogelijke fusieclub: een stadion met een capaciteit van dertigduizend toeschouwers kan – volgens de studie – op vijf locaties kostendekkend geëxploiteerd worden: Sittard, Heerlen, Kerkrade, Valkenburg en Beek. MVV is alleen geïnteresseerd als de fusieclub in Maastricht gevestigd wordt, maar Maastricht is geen optie en dus haakt MVV af. Blijven Fortuna Sittard en Roda JC over, die nog wel kort verder praten over een fusie, voordat Fortuna de onderhandelingen staakt. Met het afhaken van MVV – en dus Maastricht – vermoedt Fortuna dat belangrijke Limburgse sponsoren zullen afhaken, waardoor de meerwaarde van de fusieclub geringer wordt. Einde fusiebesprekingen.

We zijn dan begin november en op het veld is Fortuna moeizaam uit de startblokken geraakt. Op speeldag veertien belandt Fortuna na een 1-5 thuisnederlaag tegen Vitesse zelfs onder de degradatiestreep. Fortuna onderneemt actie en haalt Fuat Usta terug van Besiktas JK. De resterende zes duels tot aan de winterstop eindigen alle zes in een gelijkspel, waardoor Fortuna gaat rusten op plek veertien – één punt boven de degradatiestreep.

Ook dit seizoen zijn de doelpunten schaars (achttien doelpunten in twintig duels), met als gevolg dat Fortuna opnieuw een spits aantrekt in de winterstop. Het betreft de Noord-Ier Phil Gray die overkomt van AS Nancy. Wil Boessen verlaat Fortuna voor de tweede maal (naar Helmond Sport). In totaal speelde Boessen 305 duels voor Fortuna verdeeld over twee periodes.

Na de winterstop presteert Fortuna beter dan ervoor. Van de veertien resterende duels wint Fortuna er zes. Fortuna eindigt op de ranglijst op een elfde plek. Het meest memorabele duel uit die tweede competitiehelft speelt Fortuna in Stadion Feijenoord tegen Feyenoord. Fortuna neemt er driemaal een voorsprong, verspeelt die telkens en lijkt dan alsnog te gaan verliezen met 4-3, totdat Fernando Ricksen vijf minuten voor tijd alsnog gelijkmaakt.

Het spectaculaire duel in De Kuip kan niet verhullen dat het voetbal onder Pim Verbeek saai is. Dat blijkt ook uit de teruglopende toeschouwersaantallen. Daar waar er gemiddeld 6.300 toeschouwers naar Stadion De Baandert kwamen in het vorige seizoen, zijn er dat dit seizoen 4.800. Michael Jeffrey kroont zich tot topscorer met slechts acht doelpunten.

Fernando Ricksen ontpopt zich dit seizoen tot een van de steunpilaren van het elftal. Hij zal onhoudbaar blijken voor Fortuna. AZ betaalt 1,8 miljoen gulden voor zijn diensten, waarmee hij Anton Janssen verdringt aan de kop van de lijst duurste uitgaande transfer tot dusverre. Verder neemt Fortuna ook afscheid van Martin van Ophuizen die naar SK Beveren vertrekt en Robert van der Weert (naar AZ).